A actuação da SGMJ assenta numa gestão por objectivos e encontra-se enquadrada por instrumentos de gestão complementares e de periodicidade anual:
Instrumento de suporte à avaliação de desempenho do serviço, onde se identifica a sua missão, objectivos estratégicos e anuais, indicadores de desempenho e meios disponíveis.
Define a estratégia, hierarquiza opções, programa as acções a desenvolver e prevê as necessidades de afectação de recursos humanos e financeiros.
Descreve e avalia o grau de realização e execução dos programas e actividades definidos no respectivo Plano de Actividades.
Evidencia os resultados alcançados e os desvios verificados, de acordo com o QUAR do serviço, sendo parte integrante no Relatório de Actividades. Com base na auto-avaliação, o dirigente máximo do serviço propõe a menção qualitativa para a avaliação final do desempenho do serviço.
Realiza uma caracterização qualitativa e quantitativa dos recursos humanos do organismo, sendo importante como meio de informação e instrumento de planeamento e gestão nas áreas sociais e de recursos humanos.
Anualmente, a SGMJ elabora, ainda, o Dossier Justiça onde se apresenta a consolidação da informação relativa à evolução da afectação dos recursos financeiros e humanos do Sistema de Justiça.
No âmbito da Lei n° 12-A/2008, de 27 de Fevereiro - Regime de Vinculação, de Carreiras e de Remunerações (LVCR), compete ao dirigente máximo do serviço, tomar decisões nos seguintes domínios:
1. Prémios de desempenho
a. Determinar o número de dirigentes intermédios a ser abrangidos (alínea b) do nº 3 do 119º da LOE), respectivo universo e encargo a suportar (alínea a) do nº 5 do artº119º da LOE);
b. Determinar o número de trabalhadores (alínea b) do nº 3 do artº 119º da LOE), respectivos universos (por carreira, categoria, actividade e, ou, por área de formação académica ou profissional) e encargos a suportar por cada universo (alínea a) do nº 5 do artº 119º da LOE).
2. Carreiras
a. Alteração obrigatória do posicionamento remuneratório (artsº 47º, nº6, e 113º da LVCR);
b. Alteração do posicionamento remuneratório por opção gestionária, com indicação dos respectivos universos (por carreira, categoria, actividade e, ou, por área de formação académica ou profissional).
3. Recrutamentos a efectuar durante o ano corrente com indicação dos respectivos encargos.