A SGMJ tem por missão assegurar:
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o apoio técnico e administrativo aos gabinetes dos membros do Governo da área da Justiça e aos órgãos e serviços sem estrutura de apoio administrativo;
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o apoio aos demais serviços e organismos do Ministério da Justiça nos seguintes domínios:
- gestão de recursos internos,
- aprovisionamento centralizado,
- apoio técnico-jurídico e contencioso,
- documentação e informação,
- comunicação, relações públicas e protocolo;
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a gestão do subsistema de saúde e acção social complementar da Justiça.